1.案件来源

• 主要来源公、检、法机关委托的鉴定以及行政机关、社会机构、机关团体等委托的相关检验。

2.案件委托和受理

• 公、检、法机关正在办理的案件，由案件承办机关出具鉴定委托函 ;行政机关、社会团体等委托的案件，由其出具检验鉴定委托函。
• 中心办公室受理案件时，认真检查委托书，有效身份证件；了解案情，并作好记录，编写检验鉴定顺序号码；认真清点送检检材，填写鉴定委托受理合同。
• 法医病理检验鉴定案件，接案人员应亲自提取检验标本及文字资料。

3.检验鉴定

• 全套系统尸体解剖，一般由鉴定人和技术人员完成，到现场参加工作， 1名负责开颅，2名负责开胸腹腔，1名记录拍照。交通工具由委托单位提供。
• 送检标本一般由鉴定人和技术人员完成， 1名负责取材制片，2名负责阅片检验鉴定。
• 法医教研室专业人员侧重损伤、中毒、疾病、非法行医等检验鉴定工作，病理教研室专业人员侧重肿瘤病理、临床病理等检验鉴定工作。
• 重大疑难复杂案件，根据需要可聘请外地专家和法医临床学专家会诊，联合检验鉴定。

4.出具检验鉴定书

• 一般在案件受理 14个工作日左右由鉴定人拟稿写出检验鉴定书，办公室核稿，具有资质人员签发，出具正式检验鉴定报告。鉴定书必须加盖南京金陵司法鉴定所鉴定专用章后方生效。

5.档案管理

• 文字档案包括现场勘验记录，尸体解剖记录，取材记录，照片，声像材料，计算机软盘，法医病理学鉴定书等，必要时附上案情调查记录，预审笔录及其他有关材料，存于中心办公室。
• 标本档案包括大体标本、石蜡组织块、组织切片等。大体标本需经福尔马林固定后保存，保存期一年。切片石蜡块存放档案柜，保存期十年（教学科研或特殊案例必须保留的除外）。标本档案存放在法医病理实验室,由专人保管。